Академия Ниндзя ("Ninja Akademii"), "Ninja Gakkō") - школа, в которой дети, которые поставили себе цель стать Ниндзя, обучаются в основах Нин-, Тай- и Гендзюцу, которые нужно применять в практических и теоретических тестах, что бы сдать. Техники, которым обучают в академии зачастую уровня Е.
Многие ученики академии учатся техникам от их родных или частных учителей или же изучают сами, как на пример Узумаки Наруто, который самостоятельно изучил Каге Буншин но Дзюцу.
Обычно в академию поступают примерно в девять лет. Особенно талантливые дети поступают раньше и следовательно оканчивают академию раньше чем другие. Что бы стать настоящим Ниндзя ученики каждый раз должны были пройти различные тесты.
Зачастую учителя академии Чунины с особыми способностями. Экзамены так же проводятся учителями, которые решают сдал ученик экзамен или же провалил. Кроме того, по видимому, учитель сам решает где и когда он подтвердит, что ученик окончил академию. Пример этому - Наруто, который после провала на экзамене, спасает Ируку от Мизуки, после чего Ирука присуждает ему звание Генина.
Так же может случиться что ученик проваливает экзамен, однако это никак не отражается на возможный следующий учебный год, так как экзамен можно повторить. К примеру, Наруто проваливал экзамен три раза.

Примерно 50 лет назад академию создал Сенджу Тобирама из-за военной срочности.